Aunque tiene poco tiempo de operación, el ha sufrido ya varios accidentes que han dejado retrasos para los usuarios y algunos trabajadores heridos, como el sucedido el martes 19 de agosto en Izamal, Yucatán, donde se registró un choque entre dos .
El general Óscar David Lozano, director del Tren Maya , explicó que hubo una “anomalía” en el cambio de vías que hizo que el vagón 3 de uno de los trenes se desviara y quedara recargado sobre el otro tren que estaba en la estación. Expuso que el percance se va a investigar, ya que no puede volver a ocurrir; insistió en que fue un percance de vía y no un descarrilamiento.
El accidente del Tren Maya , obra insignia del sexenio del expresidente Andrés Manuel López Obrador , fue por un cambio intempestivo en aparato de vía cuando pasa