El Acuerdo Final para la Construcción de una Paz Estable y Duradera creó un órgano judicial, la Jurisdicción Especial para La Paz (JEP), independiente de todos los poderes públicos. La JEP está encargada de investigar, juzgar y sancionar las graves violaciones a los derechos humanos y las graves infracciones al derecho internacional humanitario cometidas con ocasión del conflicto armado y ocurridas hasta el 1 de diciembre de 2016.
Desde sus inicios, la JEP ha tomado decisiones con absoluta independencia de todos los poderes públicos, únicamente sometida a los mandatos de la Constitución Política y a las normas que rigen el Estado de Derecho.
El hecho de que la JEP haya sido creada en virtud del Acuerdo Final de Paz no les confiere tutoría alguna sobre su gestión a las partes firmantes de