La Contraloría General de la República encendió las alarmas sobre la situación administrativa y financiera de la Nueva EPS , tras un operativo de policía judicial adelantado en julio de 2025 . El organismo de control detectó presuntas irregularidades que comprometen la sostenibilidad de la entidad y ponen en riesgo la prestación de los servicios de salud a millones de afiliados.

De acuerdo con el informe preliminar de la Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (DIARI), las principales alertas están relacionadas con el incremento desmesurado de anticipos pendientes por legalizar, el represamiento de facturas sin auditar, el aumento de cuentas por pagar, falencias en los procesos de contratación con prestadores y deficiencias en la constitución de reservas técnicas .

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