La Contraloría General de la República encendió las alarmas sobre la delicada situación administrativa y financiera de la Nueva EPS, tras un operativo de policía judicial realizado en julio de 2025. La entidad recopiló más de 4.500 archivos de carácter técnico, jurídico, administrativo y financiero correspondientes a los periodos 2022, 2023, 2024 y el primer semestre de 2025, lo que permitió identificar graves irregularidades.
El informe preliminar reveló que los anticipos sin legalizar crecieron de $3,4 billones en 2023 a $15,27 billones en junio de 2025, de los cuales $143.000 millones superan los dos años sin legalización. Además, se encontraron más de 22,7 millones de facturas represadas por $22,1 billones, de las cuales cerca de 9,1 millones resultaron duplicadas. El 97% de estas aún