Era delgado, de mediana estatura, se destacaba por su frente espaciosa, su abundante cabello negro y por esos bigotes largos, cuyas puntas amagaban tapar parte de sus mejillas. De vestir sencillo, sin prestar demasiada atención a la moda, a José Manuel Estrada se lo distinguía por su andar cansino, como si estuviera agobiado.
Había nacido el 13 de julio de 1842 en el seno de una distinguida familia local, al punto que su mamá Rosario era nieta del virrey Santiago de Liniers . Huérfano a temprana edad, junto a sus ocho hermanos quedó al cuidado de su abuela. Tuvo una educación primaria en su casa, impartida por el maestro Manuel Pinto, y los contenidos de la escuela secundaria se los impartió Fray Buenaventura Hidalgo, del convento de San Francisco.
Demostró, siendo muy joven, que er