José Gregorio Hernández Cisneros nació el 26 de octubre de 1864 en la pequeña localidad de Isnotú, en el estado Trujillo, hacia el centro-oeste de Venezuela. Hijo de Benigno Hernández, comerciante y dueño de un almacén, y de Josefa Antonia Cisneros, quien se dedicaba a las labores del hogar. José Gregorio quedó como el mayor de seis hermanos pues la primera hija, de aquel solido matrimonio, murió prematuramente.
Cuando estaba por cumplir ocho años, su madre falleció; ella, además de amorosa progenitora, le impartió las primeras lecciones pedagógicas y de fe cristiana; posteriormente, su educación escolar estuvo a cargo del maestro del pueblito, Pedro Celestino Sánchez. También la tía paterna, María Luisa, haría las veces de madre para con él y sus hermanitos. Otra hermana de Benigno, q