Un informe de 584 páginas detalla las sanciones impuestas a doce militares del Batallón de Artillería No. 2 ‘La Popa’, ubicado en Valledupar. Estos militares admitieron su participación en 135 ejecuciones extrajudiciales entre 2002 y 2003. El documento revela que cinco oficiales, cuatro suboficiales y tres soldados profesionales colaboraron con grupos paramilitares para capturar a civiles ajenos al conflicto armado, quienes luego fueron asesinados y presentados como bajas en combate.

La sentencia indica que "no fueron excesos individuales, sino que hicieron parte de un plan sistemático con lógica institucional". Este plan tenía como objetivo inflar las estadísticas de éxito militar y responder a las presiones de los altos mandos. Las víctimas principales de estas ejecuciones fueron campesinos, afrodescendientes e indígenas de las comunidades Kankuamo y Wiwa. Según el fallo, estas personas "fueron perseguidas, perfiladas, engañadas, detenidas, torturadas y ejecutadas por quienes tenían el deber de protegerlas".

A pesar de que los militares proporcionaron información sobre cómo se llevaron a cabo los falsos positivos con la colaboración del Bloque Norte de las AUC, la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) ha señalado que hay aspectos que aún no se han esclarecido y que requieren una investigación exhaustiva. En el sexagésimo sexto punto de la decisión, la Sección de Reconocimiento solicitó a la Fiscalía y a la Procuraduría General investigar la presunta omisión de tres jueces de la Justicia Penal Militar y un procurador delegado.

Durante años, el despacho 21 de Instrucción Penal Militar no investigó las ejecuciones extrajudiciales reportadas en el sur del Cesar y el norte de La Guajira. Un documento de esa jurisdicción revela que el juez Carlos Darío Martínez Acosta dejó varios expedientes olvidados en una "bolsa plástica", lo que impidió una indagación adecuada. Con la llegada de la jueza Heidi Johana Zuleta Gómez, los expedientes fueron revisados, pero no se recopilaron las pruebas necesarias para avanzar en las investigaciones.

A pesar de la gravedad de los hechos, la jueza Zuleta Gómez no informó a las autoridades competentes para que se llevara a cabo la indagación correspondiente. Además, el procurador delegado no hizo pronunciamiento alguno sobre las demoras en la investigación de las ejecuciones extrajudiciales. El fallo también menciona que se deben investigar las acciones y la posible responsabilidad penal y disciplinaria de los jueces y el procurador involucrados.

La Sala ha destacado que las diligencias de estos procesos fueron depositadas en una bolsa negra y solo se iniciaron una vez que Zuleta Gómez fue designada como encargada del despacho. Se estima que alrededor de 80 expedientes por ejecuciones extrajudiciales no avanzaron en ese despacho, de los cuales 63 correspondían a investigaciones por homicidio.

La Sala concluye que los avances en la Justicia Penal Militar han sido casi nulos en relación con las investigaciones sobre los hechos ocurridos en el Batallón La Popa, que estaba bajo el mando del coronel Publio Hernán Mejía, quien espera un fallo en su contra. No se ha llamado a rendir testimonio a los comandantes del batallón ni a los miembros de su plana mayor, lo que ha limitado la exploración de hipótesis investigativas sobre los responsables de los asesinatos y desapariciones.